O Mundo das Pedras - localizado bem abaixo dos nossos pés, no interior da Terra - passa novamente por um grande perigo. Espinélio, que já havia escravizado seres dos países vizinhos e explorava as formações rochosas do lugar, agora ambiciona possuir as ágatas, pedras com o poder de ampliar a comunicação telepática. Não se sabe ao certo quantas ágatas existiram, porém há quatro delas ainda em atividade: duas na América do Sul e duas na Europa, sob a guarda do povo Ionte. Essas pedras, nas mãos do terrível vilão, podem se tornar armas poderosas, que lhe possibilitarão controlar as mentes de todos os seres do mundo subterrâneo. Isso seria o fim do Mundo das Pedras e do Mundo Lá Fora. Para evitar esse desastre, mais uma vez os Iontes contam com a ajuda do homenzinho verde Flint e de seu parceiro Ônix, além dos humanos: a doutora Safira; Dara, a jovem colecionadora de pedras; e seu amigo Caio.
